Diese Kirche ist eine Kreuzkirche und steht fast im Zentrum des Dorfes. Sie wurde im 12. Jahrhundert erbaut und ist von den drei alten Ev.-Luth. Kirchen die größte und wird daher auch gerne der „Friesendom“ genannt. Wie auch auf dem Friedhof der St. Laurentii Kirche in Süderende, sind hier eine große Zahl damaliger Walfänger und Kapitäne begraben. Die meisten ihrer Grabsteine erzählen die Geschichte der Verstorbenen und meistens ist auch ein Motiv in Form eines Schiffes oder Ankers auf dem Stein abgebildet. Aber selbst betuchte Müller von eigenen Windmühlen haben sich einen solchen Grabstein anfertigen lassen, auf ihm ist oftmals eine Mühle abgebildet.
Im Inneren der Kirche gibt es eine Vielzahl von Kunstschätzen. Der Taufstein, der aus einem großen Findling herausgeschlagen wurde, ist jedoch noch aus dem ersten Bau der Kirche, die hier einst stand. Im Jahre 1976 wurde die Orgel erneuert.
Selbstverständlich benötigt ein so altes Gebäude ständige Unterhaltung in Form von Restaurierungen. Dazu hat sich ein Förderverein gebildet. Dessen Aufgaben bestehen darin, Baumängel rechtzeitig zu erkennen, Kostenvoranschläge einzuholen und die Arbeiten unter professioneller Aufsicht durchführen zu lassen. Auch wird geprüft, ob und welcher öffentliche Träger solche Maßnahmen fördert, denn allein kann die Kirche den Betrag nicht erwirtschaften. So ist u. a. die Deutsche Stiftung für Denkmalschutz mit Fördergeldern dabei.
Die St. Johannis Kirche präsentiert vor allem in den Sommermonaten ein reichhaltiges Programm an musikalischen Darbietungen. Es treten viele Künstler vom Festland auf oder spielen mit Einheimischen gemeinsam. Zudem kommen Künstler die vom „Schleswig-Holstein-Musikfestival“ gebucht sind. Aber die Kirche kann auch mit ihrem eigenen Singkreis (gem. Chor) und/oder Posaunenkreis musizieren.
Nicht zu vergessen sind die regelmäßig stattfindenden Gottesdienste, „Kirche für Kinder“ mit dem „Spaghetti-Gottesdienst“, Konfirmationsfeiern, Trauungen, Trauerfeiern usw. Ein tatsächlich groß aufgestelltes Programm wird im Friesendom zu Nieblum geboten.